Právě přítoky představují pro jinak dobrou vodu v Želivce největší riziko. Znečištění pochází hlavně ze zemědělství a mnohdy také ze špatné kanalizace.
Právě na revitalizaci kanalizace a odpadních vod v okolních obcích nádrže do dvou tisíc obyvatel bylo hlavním tématem jednání tří krajů. Zástupci Vysočiny, Středočeského kraje a Prahy se loni na jaře zavázali, že budou podporovat projekty usilující o dosažení trvalé kvality vody v povodí Želivky i v samotné nádrži.

Vyčištění všech přítoků ale představuje investici v miliardách korun. Financovat ji z veřejných rozpočtů není reálné. Praha se proto pokusí získat na tyto účely dotace z Evropských fondů. Zástupci krajů chtějí vyhovujícího stavu v povodí Želivky dosáhnout do roku 2015.